Mikrodalga fırınlar, modern mutfakların vazgeçilmez bir parçası haline gelmiş olsa da, bazı sağlık riskleri ve besin kalitesi üzerindeki olumsuz etkileri göz ardı edilmemelidir. Bu pişirme yöntemi, gıdaların hızlı bir şekilde ısınmasını sağlasa da, içerdiği potansiyel tehlikeler nedeniyle dikkatli kullanılmalıdır. Özellikle besin değerlerinin azalması, kimyasal sızıntılar ve dengesiz ısıtma gibi konular, mikrodalga fırınların zararlı etkileri arasında yer almaktadır.
Mikrodalga fırınların bazı zararları şunlardır: